| 序章 | AD2098〜2198の概観 | 「動乱の四半世紀」に先立つ戦乱の一世紀の歴史について |
| 第一話 | 第一次冥王星海戦 | 2199年5月、地球艦隊最後の組織的反撃開始。その成否は… |
| 第二話 | 希望、軍神の星に墜つ | 火星にて任務に就く二人の若き宇宙戦士たち。彼らが出会う「運命」とは… |
| 第三話 | その名は<ヤマト> | 二人の戦士と偉大なる戦艦、宿命の出会い。 |
| 第四話 | EX計画 | 謎のEX計画とは？ |
| 第五話 | メッセージ | それは福音か、それとも試練か。 |
| 第六話 | 始動 | 修正EX計画、本格的始動。 |
| 第七話 | 模擬空戦 | 次期主力戦闘機をめぐり、古代と加藤が対決。 |
| 第八話 | 咆哮 | 巨艦、天に吼える。 |
| 第九話 | 邂逅 | 古代と雪、運命の出会い。 |
| 第十話 | 旅立ちへの号砲 | <ヤマト>、星の海への出航。 |
| 第十一話 | 光を超えて | <ヤマト>、時空を翔ける。 |
| 第十二話 | 軍神の涙 | 火星での修理を襲う脅威 |
| 第十三話 | 神の雷火 | 決戦兵器、咆哮。 |
| 第十四話 | 絆の銃弾 | その艦は、タイタンの海に沈んでいた。 |
| 第十五話 | 冥王の鉄槌 | 冥王星に潜む巨砲の罠 |
| 第十六話 | 朽ちた巨人 | ヤマト陸戦隊、決死の潜入 |
| 第十七話 | 自由の星空 | 第二次冥王星海戦、決着の時 |
| 第十八話 | 侵略者の情景 | 敗報、ガミラスに届く |
| 第十九話 | フェアウェル・パーティー | 故郷に別れを告げる日 |
| 第二十話 | 陥穽 | 最初の星系に待つもの |
| 第二十一話 | 絶体絶命 | 〈ヤマト〉を襲う、必殺の罠 |
| 第二十二話 | 危地からの脱出 | 〈ヤマト〉、死の罠からの脱出 |
| 第二十三話 | 火龍の星 | 赤色超巨星の猛威 |
| 第二十四話 | 最後の謀計 | 知将コルサック、最後の計略 |
| 第二十五話 | 紅に死す | 謀将の死、そして復讐鬼の誕生 |
| 第二十六話 | 埋伏の毒 | 激戦は終わり、〈ヤマト〉が手に入れたものには…… |
| 第二十七話 | 宙の凶獣 | 〈ヤマト〉に迫る二つの凶獣 |
| 第二十八話 | 古き森のベヒモス | 〈ヤマト〉VS 謎の宇宙怪獣 |
| 第二十九話 | 暗き大河の淵 | マゼラニックストリームの流れに潜む闇 |
| 第三十話 | 竜と狼 | ヤマト対ドメル、最初の対決 |
| 第三十話 | 古代守の追憶 | 古代守をめぐる三人の想い |